《阴阳师》中玩家扮演一名阴阳师，其职责就是退治妖怪，玩家角色与被收服的式神作为作战单位一同参与到战斗中。游戏中玩家初始角色为安倍晴明，其余角色需要玩家角色到达一定等级时通关指定剧情才能解锁更换，下表是玩家可解锁使用的玩家角色：
安倍晴明
杉山纪彰
平安时代强大的阴阳师，性格冷峻飘逸。拥有忠诚的守护式神——小白，并先后认识了神乐、源博雅和八百比丘尼三位伙伴。
神乐
钉宫理惠
贺茂家族的后代，性格单纯善良，具备通灵能力，被晴明遇到带回庭院。
源博雅
铃木达央
平安时代贵族，是皇室之后，同时也是一名武士。性格孤傲爽直，善用大弓，其弓箭具有射杀妖怪之力。从小桀骜不驯，喜欢冒险与挑战。遇到晴明和神乐之后，便经常光顾庭院。
八百比丘尼
泽城美雪
误食人鱼肉不老不死，已活了几百年的神秘巫师。占卜到晴明是命中注定可以帮助其解除诅咒之人，便居住在凤凰林中等待晴明，后来便一直留在庭院。